Penjujukan genom keseluruhan genom bakteria – alat dan aplikasi

Penerangan Produk

Kursus ini akan merangkumi topik Penjujukan genom keseluruhan (WGS) genom bakteria yang semakin relevan untuk sektor perubatan. Teknologi dan aplikasi WGS sangat tinggi dalam agenda politik antarabangsa, kerana kaedah klasik digantikan oleh teknologi WGS dan oleh itu alat bioinformatik sangat penting untuk membolehkan orang yang bekerja di sektor ini dapat menganalisis data dan memperoleh hasil yang dapat ditafsirkan dan digunakan untuk tujuan yang berbeza. Kursus ini akan memberi pelajar asas untuk memahami dan berkenalan dengan aplikasi WGS dalam pengawasan bakteria termasuk pengenalpastian spesies, menaip dan pencirian ketahanan antimikroba dan sifat virulen serta pencirian plasmid. Ia juga akan memberi peluang kepada para pelajar untuk belajar tentang alat dalam talian dan apa yang dapat mereka gunakan melalui demonstrasi bagaimana menggunakan beberapa alat dan latihan ini untuk diselesaikan oleh pelajar dengan menggunakan alat analisis WGS yang tersedia secara bebas.

Pada akhir kursus ini anda harus dapat:

1. Huraikan Prinsip umum dalam menaip Bakteria
2. Berikan contoh aplikasi Urutan Seluruh Genom untuk Pengawasan patogen bakteria dan rintangan antimikroba
3. Gunakan alat genom untuk menaip dan pengawasan
4. Tentukan konsep Penjujukan Generasi Seterusnya dan terangkan data penjujukan dari NGS
5. Huraikan bagaimana melakukan pemasangan de novo dari bacaan mentah hingga babak
6. Hitung kaedah di sebalik alat untuk mengenal pasti spesies, penaip MLST dan pengesanan gen rintangan
7. Gunakan alat untuk mengenal pasti spesies, penaip MLST dan pengesanan gen ketahanan dalam kes sebenar genom bakteria dan patogen lain.
8. Huraikan kaedah di sebalik alat untuk menaip Salmonella dan E.coli, pengesanan replika plasmid dan penaipan plasmid
9. Gunakan alat untuk menaip Salmonella dan E.coli, pengesanan replika plasmid dan penaipan plasmid dalam kes sebenar genom bakteria dan patogen lain.
10. Terangkan konsep dan dapat menggunakan saluran paip analisis bakteria bersepadu untuk analisis kumpulan dan menaip data genom
11. Menunjukkan cara membina pokok filogenetik berdasarkan SNP
12. Terapkan alat filogenetik untuk membina pokok filogenetik dan terangkan kaitannya dengan strain bakteria atau patogen
13. Terangkan bagaimana membuat pangkalan data urutan anda sendiri
14. Gunakan alat MyDbFinder untuk mengesan penanda genetik yang berminat dari penjujukan genom keseluruhan